|
Vyučující
|
-
Bílková Zuzana, prof. RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Úvod, definice pojmů, vymezení oboru proteomiky, návaznost na jiné separační a analytické metody. Příprava vzorku, izolace a purifikace bílkovin, separační metody používané v proteomice. Separace bílkovin pomocí isoelektrické fokusace. Aplikace isoelektrické fokusace jako první dimenze 2D gelové elektroforézy. SDS-PAGE pro separaci bílkovin a její použití jako druhé dimenze v 2D gelové elektroforéze. Analýza obrazu v gelové elektroforéze, zpracování jednotlivých spotů, činidla a enzymy pro digesci bílkovin. Proteomické přístupy bez použití gelové elektroforézy, vícerozměrná proteinová identifikační technologie. Hmotnostní spektrometrie (MS), principy a možnosti v analýze biomolekul (peptidů, bílkovin). Příprava vzorku pro hmotnostně-spektrometrickou analýzu pomocí MALDI a ESI ionizačních technik. Vlastnosti peptidů a bílkovin důležité pro analýzu MS. Identifikace bílkovin pomocí tandemové MS, de-novo sekvenace peptidů, posttranslační modifikace proteinů. Databáze, programové nástroje a bioinformatické zpracování proteomických dat. Metody kvantifikace bílkovin. Použití metod značení bílkovin a peptidů. Kvantifikační metody bez použití chemického značení. Aplikace proteomických metod a jejich kombinací v praxi.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Metody práce s textem (učebnicí, knihou), Metody samostatných akcí
|
|
Výstupy z učení
|
Úvod, definice pojmů, vymezení oboru proteomiky, návaznost na jiné separační a analytické metody. Příprava vzorku, izolace a purifikace bílkovin, separační metody používané v proteomice. Separace bílkovin pomocí isoelektrické fokusace. Aplikace isoelektrické fokusace jako první dimenze 2D gelové elektroforézy. SDS-PAGE pro separaci bílkovin a její použití jako druhé dimenze v 2D gelové elektroforéze. Analýza obrazu v gelové elektroforéze, zpracování jednotlivých spotů, činidla a enzymy pro digesci bílkovin. Proteomické přístupy bez použití gelové elektroforézy, vícerozměrná proteinová identifikační technologie. Hmotnostní spektrometrie (MS), principy a možnosti v analýze biomolekul (peptidů, bílkovin). Příprava vzorku pro hmotnostně-spektrometrickou analýzu pomocí MALDI a ESI ionizačních technik. Vlastnosti peptidů a bílkovin důležité pro analýzu MS. Identifikace bílkovin pomocí tandemové MS, de-novo sekvenace peptidů, posttranslační modifikace proteinů. Databáze, programové nástroje a bioinformatické zpracování proteomických dat. Metody kvantifikace bílkovin. Použití metod značení bílkovin a peptidů. Kvantifikační metody bez použití chemického značení. Aplikace proteomických metod a jejich kombinací v praxi.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Písemná zkouška, Posouzení zadané práce
|
|
Doporučená literatura
|
-
Aslam B. et al. Proteomics: Technologies and Their Applications. J. Chromatogr. Sci. 55 (2017) 182-196.
-
Figeys D. The basic overview. In: Industrial Proteomics: Applications for Biotechnology and Pharmaceuticals. 2005, John Wiley & Sons, Hoboken.
-
Graves P.R., Haystead T.A.J. Molecular Biologist's Guide to Proteomics. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 66 (2002) 39-63.
-
Maarten Altelaar F. Next-generation proteomics: towards an integrative view of proteome dynamics. Nat. Rev. Genet. 14 (2013) 35-48.
-
May C. et al. Instruments and Methods in Proteomics, in: Data Mining in Proteomics. vol. 696, 2010, Humana Press, pp. 3-26.
-
Sprenger R.R. et al. Mass Spectrometry Instrumentation in Proteomics. 2012: Wiley online library.
-
van Riper S.K. et al. Mass Spectrometry-Based Proteomics: Basic Principles and Emerging Technologies and Directions. Radiation Proteomics, 2013, 1-35.
-
Vidová V., Spáčil Z. A review on mass spectrometry-based quantitative proteomics: Targeted and data independent acquisition.. Anal. Chim. Acta 964 (2017) 7-23.
|