Práce se zabývá identifikací bakteriálních patogenů rodu Nocardia. Tedy určením pomalu rostoucích a obtížně kultivovatelných mikroorganismů, pro jejichž spolehlivé stanovení jsou mnohdy fenotypové metody nedostačující a zdlouhavé. K identifikaci a druhové klasifikaci těchto mikroorganismů se proto využilo sekvenační analýzy DNA, konkrétně úseku 16S. Tato metoda by měla významně urychlit a usnadnit správné určení druhu, které je důležité pro nastavení adekvátní antibiotické léčby.
Anotace v angličtině
The work deals with the identification of bacterial pathogens of Nocardia genus. That means with determining slowly growing and hardly cultivable microorganisms, where the determination by phenotypic methods is deficient and time-consuming. That's why is in this study used the DNA sequence analysis, concretely the 16S gene targeting, for the identification and species classification of these microorganisms. This method should dramatically accelerate and facilitate the precise determination of the species, which is important for setting up the sufficient antibiotic treatment.
Klíčová slova
sekvenace, gen 16S rRNA, Nocardia, identifikace, BLAST, polyfázický přístup
Práce se zabývá identifikací bakteriálních patogenů rodu Nocardia. Tedy určením pomalu rostoucích a obtížně kultivovatelných mikroorganismů, pro jejichž spolehlivé stanovení jsou mnohdy fenotypové metody nedostačující a zdlouhavé. K identifikaci a druhové klasifikaci těchto mikroorganismů se proto využilo sekvenační analýzy DNA, konkrétně úseku 16S. Tato metoda by měla významně urychlit a usnadnit správné určení druhu, které je důležité pro nastavení adekvátní antibiotické léčby.
Anotace v angličtině
The work deals with the identification of bacterial pathogens of Nocardia genus. That means with determining slowly growing and hardly cultivable microorganisms, where the determination by phenotypic methods is deficient and time-consuming. That's why is in this study used the DNA sequence analysis, concretely the 16S gene targeting, for the identification and species classification of these microorganisms. This method should dramatically accelerate and facilitate the precise determination of the species, which is important for setting up the sufficient antibiotic treatment.
Klíčová slova
sekvenace, gen 16S rRNA, Nocardia, identifikace, BLAST, polyfázický přístup
1) Teoretická část:
Základy identifikace bakterií, taxonomii, polyfázickou identifikaci bakterií, základy PCR, separace DNA fragmentů, izolace DNA z gelu, sekvenace.
Bioinformatické práce - návrh primerů, databáze, BLAST.
2) Praktická část:
Izolace DNA, amplifikace pomocí PCR, izolace z gelu, sekvenace.
Vyhodnocení.
Zásady pro vypracování
1) Teoretická část:
Základy identifikace bakterií, taxonomii, polyfázickou identifikaci bakterií, základy PCR, separace DNA fragmentů, izolace DNA z gelu, sekvenace.
Bioinformatické práce - návrh primerů, databáze, BLAST.
2) Praktická část:
Izolace DNA, amplifikace pomocí PCR, izolace z gelu, sekvenace.
Vyhodnocení.
Seznam doporučené literatury
podle pokynů vedoucího diplomové práce
Seznam doporučené literatury
podle pokynů vedoucího diplomové práce
Přílohy volně vložené
1 CD
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
1. Prezentace výsledků diplomové práce
2. Diskuze k posudkům vedoucího a oponenta diplomové práce
3. Diplomantka zodpověděla všechny dotazy a přípomínky k DP