Diplomová práce se zabývá optimalizací metod pro izolaci bakteriální DNA na magnetické částice. Konkrétně se jedná o izolaci DNA pomocí precipitace v prostředí polyetylenglykolu a ethanolu na částice s karboxylovými funkčními skupinami a izolaci DNA na silika částice v prostředí guanidium thiokyanátu. Jako modelový organismus pro tuto diplomovou práci byla vybrána Salmonella Typhimurium. Po získání optimalizovaných protokolů byla provedena metoda PCR pro ověření amplifikovatelnosti vyizolované bakteriální DNA.
Anotace v angličtině
This thesis deals with the optimization methods for magnetic beads-based bacterial DNA isolation, namely isolation by precipitation in environment of PEG and ethanol using magnetic particles with carboxyl groups and DNA isolation using silica particles in environment of guanidium thiocyanante. Salmonella Typhimurium was chosen as a model organism for this thesis. After obtaining an optimized protocols PCR method was applied for verifying amplification of the isolated DNA.
Klíčová slova
izolace DNA, magnetické částice, extrakce na pevnou fázi, PCR
Klíčová slova v angličtině
DNA isolation, magnetic particles, solid phase extraction, PCR
Rozsah průvodní práce
89 s. (131 492 znaků)
Jazyk
CZ
Anotace
Diplomová práce se zabývá optimalizací metod pro izolaci bakteriální DNA na magnetické částice. Konkrétně se jedná o izolaci DNA pomocí precipitace v prostředí polyetylenglykolu a ethanolu na částice s karboxylovými funkčními skupinami a izolaci DNA na silika částice v prostředí guanidium thiokyanátu. Jako modelový organismus pro tuto diplomovou práci byla vybrána Salmonella Typhimurium. Po získání optimalizovaných protokolů byla provedena metoda PCR pro ověření amplifikovatelnosti vyizolované bakteriální DNA.
Anotace v angličtině
This thesis deals with the optimization methods for magnetic beads-based bacterial DNA isolation, namely isolation by precipitation in environment of PEG and ethanol using magnetic particles with carboxyl groups and DNA isolation using silica particles in environment of guanidium thiocyanante. Salmonella Typhimurium was chosen as a model organism for this thesis. After obtaining an optimized protocols PCR method was applied for verifying amplification of the isolated DNA.
Klíčová slova
izolace DNA, magnetické částice, extrakce na pevnou fázi, PCR
Klíčová slova v angličtině
DNA isolation, magnetic particles, solid phase extraction, PCR
Zásady pro vypracování
1) Teoretická část:
a. Stručný úvod o struktuře, typech a vlastnostech DNA.
b. Rešerše o tradičních i moderních přístupech k izolaci a purifikaci DNA včetně komerčních automatických systémů. Zaměřit se na principy jednotlivých metod, na jejich specifika, pozitivní i negativní aspekty.
c. Rešerše o využití magnetických částic v bioanalytických metodách se zaměřením na molekulárně-biologické aplikace (izolace DNA).
2) Praktická část:
a. Zvládnutí referenční techniky izolace bakteriální DNA (Salmonella Typhimurium) pomocí komerčního kitu a metod pro hodnocení kvality vyizolované DNA (spektrofotometrické stanovení, agarózová elektroforéza a barvení, specifická fluorescenční kvantifikace, atd.).
b. Optimalizovat metody využívajících pro izolaci DNA magnetické částice - adsorpce na pevnou fázi v prostředí PEGu, adsorpce na pozitivně nabité povrchy, adsorpce na silika částice, aj.
c. Všechny metody porovnat z kvalitativního i kvantitativního hlediska, případně zavést metodu PCR pro ověření amplifikovatelnosti vyizolované DNA (amplifikace genů rfb, mdh, thrA nebo purE).
Zásady pro vypracování
1) Teoretická část:
a. Stručný úvod o struktuře, typech a vlastnostech DNA.
b. Rešerše o tradičních i moderních přístupech k izolaci a purifikaci DNA včetně komerčních automatických systémů. Zaměřit se na principy jednotlivých metod, na jejich specifika, pozitivní i negativní aspekty.
c. Rešerše o využití magnetických částic v bioanalytických metodách se zaměřením na molekulárně-biologické aplikace (izolace DNA).
2) Praktická část:
a. Zvládnutí referenční techniky izolace bakteriální DNA (Salmonella Typhimurium) pomocí komerčního kitu a metod pro hodnocení kvality vyizolované DNA (spektrofotometrické stanovení, agarózová elektroforéza a barvení, specifická fluorescenční kvantifikace, atd.).
b. Optimalizovat metody využívajících pro izolaci DNA magnetické částice - adsorpce na pevnou fázi v prostředí PEGu, adsorpce na pozitivně nabité povrchy, adsorpce na silika částice, aj.
c. Všechny metody porovnat z kvalitativního i kvantitativního hlediska, případně zavést metodu PCR pro ověření amplifikovatelnosti vyizolované DNA (amplifikace genů rfb, mdh, thrA nebo purE).
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího diplomové práce.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího diplomové práce.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, grafy, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
1. Prezentace výsledků diplomové práce.
2. Přečtení posudků vedoucího a oponenta diplomové práce. 3. Diskuze k posudkům vedoucího a oponenta diplomové práce. 4. Studentka odpovídala na všechny dotazy a připomínky k DP.