Diplomová práce se zabývá analýzou vybraných bakteriálních toxinů Clostridium botulinum, 2 toxinu Clostridium perfringens a Clostridium difficile pomocí metod cílené (SRM) a necílené tandemové hmotnostní spektrometrie. U C. botulinum byla ověřena kvalitativní analýza extraktů pomocí cílené hmotnostní spektrometrie s nížší citlivostí, u kmenů s nižší hladinou produkce pak pomocí necílené tandemové hmotnostní spektrometrie a tyto nálezy byly konfrontovány s PCR výsledky jednotlivých kmenů testovacího panelu. Navržení SRM metody pro kvantitativní a kvalitativní hodnocení bylo provedeno u 2 toxinu C. perfringens, kterému předcházelo otestování pilotní analýzy pomocí necílené tandemové hmotové spektrometrie. U C. difficile byl přípraven panel extraktů vybraných kmenů,
na kterém byla provedena kvalitativní analýza pomocí necílené tandemové hmotnostní spektrometrie pro následný vývoj širší kvalitativní a výhledově kvantitativní analýzy.
Anotace v angličtině
The thesis is focused on the analysis of bacterial toxins Clostridium botulinum,
2 toxin Clostridium perfringens and Clostridium difficile and development and verification
tandem mass spectromtery techniques for selected toxins. A qualitative analysis of
C. botulinum extracts was investigated by using 4000 QTRAP and Q-Exactive instrumentation and was compared with PCR findings of tested panel of bacterial strains. Designing SRM methods for quantitative and qualitative assessments were performed on 2 toxin of C. perfringens, which was preceded by a pilot test sample analysis by untargeted mass spectrometry. For C. difficile, the panel of extracts containing selected strains was prepared and qualitative analysis using Q-Exactive platform for the implementation of broader qualitative and prospective quantitative analysis was performed.
Diplomová práce se zabývá analýzou vybraných bakteriálních toxinů Clostridium botulinum, 2 toxinu Clostridium perfringens a Clostridium difficile pomocí metod cílené (SRM) a necílené tandemové hmotnostní spektrometrie. U C. botulinum byla ověřena kvalitativní analýza extraktů pomocí cílené hmotnostní spektrometrie s nížší citlivostí, u kmenů s nižší hladinou produkce pak pomocí necílené tandemové hmotnostní spektrometrie a tyto nálezy byly konfrontovány s PCR výsledky jednotlivých kmenů testovacího panelu. Navržení SRM metody pro kvantitativní a kvalitativní hodnocení bylo provedeno u 2 toxinu C. perfringens, kterému předcházelo otestování pilotní analýzy pomocí necílené tandemové hmotové spektrometrie. U C. difficile byl přípraven panel extraktů vybraných kmenů,
na kterém byla provedena kvalitativní analýza pomocí necílené tandemové hmotnostní spektrometrie pro následný vývoj širší kvalitativní a výhledově kvantitativní analýzy.
Anotace v angličtině
The thesis is focused on the analysis of bacterial toxins Clostridium botulinum,
2 toxin Clostridium perfringens and Clostridium difficile and development and verification
tandem mass spectromtery techniques for selected toxins. A qualitative analysis of
C. botulinum extracts was investigated by using 4000 QTRAP and Q-Exactive instrumentation and was compared with PCR findings of tested panel of bacterial strains. Designing SRM methods for quantitative and qualitative assessments were performed on 2 toxin of C. perfringens, which was preceded by a pilot test sample analysis by untargeted mass spectrometry. For C. difficile, the panel of extracts containing selected strains was prepared and qualitative analysis using Q-Exactive platform for the implementation of broader qualitative and prospective quantitative analysis was performed.
Teoretická část:
Z dostupné literatury připravit rešerši o toxinech bakterií Clostridium botulinum (\recke{beta}2 toxinu), Clostridium perfringens a Clostridium difficile a dále o technice hmotové spektrometrie a Selected Reaction Monitoring (SRM) a jejím využití v proteomice se zaměřením na analýzu bakteriálních toxinů.
Experimentální část:
Kultivovat jednotlivé kmeny druhů C. botulinum, \recke{beta}2 producenta, a negativní kontrolu C. perfringens a C. difficile. Z takto připravených supernatantů kultur poté extrahovat a optimalizovanými postupy připravit vzorky pro analýzu pomocí platformy Qexactive. Data z této analýzy pak zpracovat pro tvorbu jednotlivých SRM metod.
Dílčími kroky bude:
1) Kultivace, příprava extraktů C. botulinum a kvantitativní analýzy těchto extraktů pomocí těžkých peptidů.
2) Optimalizace podmínek přípravy extraktu \recke{beta}2 producenta a negativní kontroly C. perfringens a vývoj SRM techniky pro kvantitativní analýzu.
3) Pilotní příprava panelu extraktů vybraných kmenů C. difficile a jejich kvalitativní analýza pomocí platformy Qexactive.
4) Příprava panelu extraktů vybraných kmenů C. difficile pro provedení širší kvalitativní a kvantitativní komparativní studie.
Zásady pro vypracování
Teoretická část:
Z dostupné literatury připravit rešerši o toxinech bakterií Clostridium botulinum (\recke{beta}2 toxinu), Clostridium perfringens a Clostridium difficile a dále o technice hmotové spektrometrie a Selected Reaction Monitoring (SRM) a jejím využití v proteomice se zaměřením na analýzu bakteriálních toxinů.
Experimentální část:
Kultivovat jednotlivé kmeny druhů C. botulinum, \recke{beta}2 producenta, a negativní kontrolu C. perfringens a C. difficile. Z takto připravených supernatantů kultur poté extrahovat a optimalizovanými postupy připravit vzorky pro analýzu pomocí platformy Qexactive. Data z této analýzy pak zpracovat pro tvorbu jednotlivých SRM metod.
Dílčími kroky bude:
1) Kultivace, příprava extraktů C. botulinum a kvantitativní analýzy těchto extraktů pomocí těžkých peptidů.
2) Optimalizace podmínek přípravy extraktu \recke{beta}2 producenta a negativní kontroly C. perfringens a vývoj SRM techniky pro kvantitativní analýzu.
3) Pilotní příprava panelu extraktů vybraných kmenů C. difficile a jejich kvalitativní analýza pomocí platformy Qexactive.
4) Příprava panelu extraktů vybraných kmenů C. difficile pro provedení širší kvalitativní a kvantitativní komparativní studie.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího diplomové práce.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího diplomové práce.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Prezentace výsledků diplomové práce.
Diskuze k posudku vedoucího a oponenta diplomové práce. Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k diplomové práci.