Teorerická část předkládané diplomové práce je souhrnem informací o rodu Arcobacter, jeho charakteristikou, výskytem a detekcí. Dále jsou obsaženy kapitoly, které se zabývají virulenčními faktory bakterií (včetně arkobakterů) a detekcí virulentně asociovaných genů. Uvedeny jsou kapitoly věnované tvorbě bakteriálního biofilmu, detekci biofilmu a především pak možným způsobům jeho eliminace.
V části experimentální je popsána metoda detekce virulentně asociovaných genů
a metoda detekce tvorby biofilmu v přítomnosti přírodních látek. Tyto metody byly aplikovány na vybrané referenční a sbírkové kmeny rodu Arcobacter.
Geny kódující virulenční faktory arkobakterů byly detekovány pomocí optimalizované metody multiplexní polymerázové řetězové reakce. Tvorba biofilmu těchto bakterií v přítomnosti přírodních extraktů byla detekována pomocí Christensenovy metody v mikrotitračních destičkách.
Na základě získaných výsledků lze říci, že výskyt jednotlivých virulenčních faktorů v genomu testovaných kmenů je variabilní. Dále lze říci, že u všech testovaných kmenů došlo v přítomnosti přírodních extraktů k eliminaci vytvořeného biofilmu.
Anotace v angličtině
The theoretic part of this thesis is a summary of information about the genus Arcobacter, its characteristics, occurrence and detection. There are the chapters about virulence factors of bacteria (including the genus Arcobacter) and about detection of virulence-associated genes. Then there are chapters about bacterial biofilm formation, about methods for its detection and primary about methods for its elimination.
The experimental part describes the method of detection virulence-associated genes and the method for detection of biofilm in the presence of natural substances. These methods were applied to selected reference and collection strains of the genus Arcobacter.
Genes that encode virulence factors of Arcobacter spp. were detected using an optimized multiplex polymerase chain reaction. The biofilm of these bacteria in the presence of natural extracts was determinated using the Christensen s method in the polyethylene microtitrate plates.
According to acquired results the occurrence of individual virulence factors in the genome of the tested strains is variable. In addition, biofilm was eliminated in the presence of natural extracts in all tested strains.
Klíčová slova
Arcobacter, faktory virulence, mPCR, biofilm, eliminace biofilmu, přírodní extrakty
Teorerická část předkládané diplomové práce je souhrnem informací o rodu Arcobacter, jeho charakteristikou, výskytem a detekcí. Dále jsou obsaženy kapitoly, které se zabývají virulenčními faktory bakterií (včetně arkobakterů) a detekcí virulentně asociovaných genů. Uvedeny jsou kapitoly věnované tvorbě bakteriálního biofilmu, detekci biofilmu a především pak možným způsobům jeho eliminace.
V části experimentální je popsána metoda detekce virulentně asociovaných genů
a metoda detekce tvorby biofilmu v přítomnosti přírodních látek. Tyto metody byly aplikovány na vybrané referenční a sbírkové kmeny rodu Arcobacter.
Geny kódující virulenční faktory arkobakterů byly detekovány pomocí optimalizované metody multiplexní polymerázové řetězové reakce. Tvorba biofilmu těchto bakterií v přítomnosti přírodních extraktů byla detekována pomocí Christensenovy metody v mikrotitračních destičkách.
Na základě získaných výsledků lze říci, že výskyt jednotlivých virulenčních faktorů v genomu testovaných kmenů je variabilní. Dále lze říci, že u všech testovaných kmenů došlo v přítomnosti přírodních extraktů k eliminaci vytvořeného biofilmu.
Anotace v angličtině
The theoretic part of this thesis is a summary of information about the genus Arcobacter, its characteristics, occurrence and detection. There are the chapters about virulence factors of bacteria (including the genus Arcobacter) and about detection of virulence-associated genes. Then there are chapters about bacterial biofilm formation, about methods for its detection and primary about methods for its elimination.
The experimental part describes the method of detection virulence-associated genes and the method for detection of biofilm in the presence of natural substances. These methods were applied to selected reference and collection strains of the genus Arcobacter.
Genes that encode virulence factors of Arcobacter spp. were detected using an optimized multiplex polymerase chain reaction. The biofilm of these bacteria in the presence of natural extracts was determinated using the Christensen s method in the polyethylene microtitrate plates.
According to acquired results the occurrence of individual virulence factors in the genome of the tested strains is variable. In addition, biofilm was eliminated in the presence of natural extracts in all tested strains.
Klíčová slova
Arcobacter, faktory virulence, mPCR, biofilm, eliminace biofilmu, přírodní extrakty
Teoretická část:
1. Seznamte se s literárními prameny v dané oblasti a vypracujte rešerši vztahující se k zadanému tématu, v úvodu práce se věnujte shrnutí základních informací o rodu Arcobacter.
2. Zpracujte literární rešerši na téma mikrobiálních biofilmů a možnosti ovlivnění jeho tvorby v přítomnosti přírodních antimikrobiálně působících extraktů.
Experimentální část:
3. Proveďte screening přítomnosti virulečních faktorů u vybraných izolátů arkobakterů, a to molekulárně-biologickým postupem.
4. Vybrané kmeny vyšetřete z hlediska tvorby biofilmu Christensenovou metodou v mikrotitračních destičkách. Dále otestujte, jak bude tvorba biofilmu ovlivněna přítomností antimikrobiálně působících extraktů přírodních látek.
5. Vyhodnoťte prevalenci faktorů virulence a porovnejte dosažené výsledky s dříve publikovanými.
Zásady pro vypracování
Teoretická část:
1. Seznamte se s literárními prameny v dané oblasti a vypracujte rešerši vztahující se k zadanému tématu, v úvodu práce se věnujte shrnutí základních informací o rodu Arcobacter.
2. Zpracujte literární rešerši na téma mikrobiálních biofilmů a možnosti ovlivnění jeho tvorby v přítomnosti přírodních antimikrobiálně působících extraktů.
Experimentální část:
3. Proveďte screening přítomnosti virulečních faktorů u vybraných izolátů arkobakterů, a to molekulárně-biologickým postupem.
4. Vybrané kmeny vyšetřete z hlediska tvorby biofilmu Christensenovou metodou v mikrotitračních destičkách. Dále otestujte, jak bude tvorba biofilmu ovlivněna přítomností antimikrobiálně působících extraktů přírodních látek.
5. Vyhodnoťte prevalenci faktorů virulence a porovnejte dosažené výsledky s dříve publikovanými.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího diplomové práce.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího diplomové práce.
Přílohy volně vložené
1 CD ROM
Přílohy vázané v práci
ilustrace, schémata, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Prezentace výsledků diplomové práce.
Diskuze k posudku vedoucího a oponenta diplomové práce.
Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k DP.