Tato diplomová práce se zabývá izolací, purifikací a frakcionací fosfopeptidů mikrogradientovou chromatografií na kolonách se stacionární fází s oxidem titaničitým a následnou analýzou frakcí pomocí hmotnostní spektrometrie. K optimalizaci mikrogradientové separace a frakcionace fosfopeptidů na TiO2 mikrokuličkách byly použity jednoduché směsi peptidů trypticky naštěpených standardních proteinů -kaseinu, hovězího sérového albuminu a fosvitinu. Následně byla optimalizovaná separace vyzkoušena a ověřena pomocí celobuněčného lyzátu Jurkat buněk (T-buněčného lymfomu) naštěpeného trypsinem.
Anotace v angličtině
This thesis deals with microgradinet chromatography using titanium dioxide solid phase for isolation, purification and fractionation of phosphopeptides with mass spectrometry used for its analysis of fractions afterwards. Simple mixtures of digested standard proteins -casein, bovine serum albumin and phosvitin were used to optimization of microgradient separation and fractionation of phosphopeptides by TiO2 microparticles. Optimization of microgradient separation was tested and verified by trypsin digested lysat of Jurkat cells (T-cell lymphoma).
Phosphoprotein, Phosphopeptides, Enrichment, Fractionation, Affinity Chromatography, Titanium Dioxide, Mass Spectrometry
Rozsah průvodní práce
103 s.
Jazyk
CZ
Anotace
Tato diplomová práce se zabývá izolací, purifikací a frakcionací fosfopeptidů mikrogradientovou chromatografií na kolonách se stacionární fází s oxidem titaničitým a následnou analýzou frakcí pomocí hmotnostní spektrometrie. K optimalizaci mikrogradientové separace a frakcionace fosfopeptidů na TiO2 mikrokuličkách byly použity jednoduché směsi peptidů trypticky naštěpených standardních proteinů -kaseinu, hovězího sérového albuminu a fosvitinu. Následně byla optimalizovaná separace vyzkoušena a ověřena pomocí celobuněčného lyzátu Jurkat buněk (T-buněčného lymfomu) naštěpeného trypsinem.
Anotace v angličtině
This thesis deals with microgradinet chromatography using titanium dioxide solid phase for isolation, purification and fractionation of phosphopeptides with mass spectrometry used for its analysis of fractions afterwards. Simple mixtures of digested standard proteins -casein, bovine serum albumin and phosvitin were used to optimization of microgradient separation and fractionation of phosphopeptides by TiO2 microparticles. Optimization of microgradient separation was tested and verified by trypsin digested lysat of Jurkat cells (T-cell lymphoma).
Phosphoprotein, Phosphopeptides, Enrichment, Fractionation, Affinity Chromatography, Titanium Dioxide, Mass Spectrometry
Zásady pro vypracování
Teoretická část:
Proteomická analýza, proteom a posttranslační modifikace s důrazem na fosforylaci proteinů.
Izolace, purifikace a separace fosfoproteinů a fosfopeptidů.
LC-MS analýza fosfopeptidů a vyhodnocení dat.
Rešerši provádět s využitím dostupné vědecké literatury a databází (např. PubMed, WOS, Scopus apod.)
Experimentální část:
Příprava vzorku pro analýzu - tryptické štěpení analyzovaných proteinů.
Osvojení standardní metody obohacení fosfopeptidů na oxidu titaničitém.
Příprava kapilárních kolonek s reverzní fází nebo oxidem titaničitým.
Purifikace peptidů mikrogradientovým zařízení.
Tvorba mobilní fáze s gradientem pH v mikrostříkačce.
Frakcionace fosfopeptidů mikrogradientovým zařízením s oxidem titaničitým jako stacionární fází s gradientem pH v mobilní fázi.
Frakcionace vzorků obsahujících fosfopeptidy:
jednoduchá směs obsahující digest fosfoproteinu;
komplexní směs peptidů z digestu celobuněčného lyzátu.
Vyhodnocení získaných experimentálních dat a jejich interpretace.
Zásady pro vypracování
Teoretická část:
Proteomická analýza, proteom a posttranslační modifikace s důrazem na fosforylaci proteinů.
Izolace, purifikace a separace fosfoproteinů a fosfopeptidů.
LC-MS analýza fosfopeptidů a vyhodnocení dat.
Rešerši provádět s využitím dostupné vědecké literatury a databází (např. PubMed, WOS, Scopus apod.)
Experimentální část:
Příprava vzorku pro analýzu - tryptické štěpení analyzovaných proteinů.
Osvojení standardní metody obohacení fosfopeptidů na oxidu titaničitém.
Příprava kapilárních kolonek s reverzní fází nebo oxidem titaničitým.
Purifikace peptidů mikrogradientovým zařízení.
Tvorba mobilní fáze s gradientem pH v mikrostříkačce.
Frakcionace fosfopeptidů mikrogradientovým zařízením s oxidem titaničitým jako stacionární fází s gradientem pH v mobilní fázi.
Frakcionace vzorků obsahujících fosfopeptidy:
jednoduchá směs obsahující digest fosfoproteinu;
komplexní směs peptidů z digestu celobuněčného lyzátu.
Vyhodnocení získaných experimentálních dat a jejich interpretace.
Seznam doporučené literatury
-
Seznam doporučené literatury
-
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Prezentace výsledků diplomové práce.
Diskuze k posudku vedoucího a oponenta diplomové práce.
Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k diplomové práci.