Práce je věnována hlavnímu histokompatibilnímu komplexu člověka a jeho metodám pro
typizaci. V úvodu práce je stručně popsána charakteristika HLA systému, jeho úloha
v organismu a rozdělení HLA antigenů do jednotlivých tříd. Další část je věnována metodám typizace, od nejstarších sérologických metod, po novější genetické metody, např. PCR. Poslední úsek práce se zabývá sekvenováním nové generace (NGS) a budoucím vývojem technologií pro typizaci HLA systému.
Anotace v angličtině
The work is devoted to the main histocompatible human complex and its methods for typing. The introduction briefly describes the characteristics of the HLA system, its role in the body and the division of HLA antigens into individual classes. The next part is devoted to typing methods, from the oldest serological methods to the newer genetic methods, such as PCR. The last part of the thesis deals with next generation sequencing (NGS) and future development of technologies for HLA system typing.
Klíčová slova
HLA systém, metody, typizace, PCR, NGS
Klíčová slova v angličtině
HLA system, methods, typing, PCR, NGS
Rozsah průvodní práce
52 s. (89 789 znaků)
Jazyk
CZ
Anotace
Práce je věnována hlavnímu histokompatibilnímu komplexu člověka a jeho metodám pro
typizaci. V úvodu práce je stručně popsána charakteristika HLA systému, jeho úloha
v organismu a rozdělení HLA antigenů do jednotlivých tříd. Další část je věnována metodám typizace, od nejstarších sérologických metod, po novější genetické metody, např. PCR. Poslední úsek práce se zabývá sekvenováním nové generace (NGS) a budoucím vývojem technologií pro typizaci HLA systému.
Anotace v angličtině
The work is devoted to the main histocompatible human complex and its methods for typing. The introduction briefly describes the characteristics of the HLA system, its role in the body and the division of HLA antigens into individual classes. The next part is devoted to typing methods, from the oldest serological methods to the newer genetic methods, such as PCR. The last part of the thesis deals with next generation sequencing (NGS) and future development of technologies for HLA system typing.
Klíčová slova
HLA systém, metody, typizace, PCR, NGS
Klíčová slova v angličtině
HLA system, methods, typing, PCR, NGS
Zásady pro vypracování
1. Prostudujte a popište systém HLA antigenů a jejich úlohu v organismu, jakou roli hrají v medicíně.
2. Vypracujte přehled využívaných metod, které jsou využívány k typizaci HLA.
3. Prostudujte a popište současné možnosti a překážky ve využívání metody NGS pro HLA typizaci.
Zásady pro vypracování
1. Prostudujte a popište systém HLA antigenů a jejich úlohu v organismu, jakou roli hrají v medicíně.
2. Vypracujte přehled využívaných metod, které jsou využívány k typizaci HLA.
3. Prostudujte a popište současné možnosti a překážky ve využívání metody NGS pro HLA typizaci.
Seznam doporučené literatury
Profaizer, T., Lázár-Molnár, E., Close, D. W., Delgado, J. C., & Kumánovics, A. (2016). HLA genotyping in the clinical laboratory: Comparison of next-generation sequencing methods. HLA, 88(1-2), 14-24. https://doi.org/10.1111/tan.12850
Liu, C., Duffy, B. F., Weimer, E. T., Montgomery, M. C., Jennemann, J. E., Hill, R., Phelan, D., Lay, L., & Parikh, B. A. (2020). Performance of a multiplexed ampliconbased next-generation sequencing assay for HLA typing. PLoS ONE, 15(4). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232050
Liu, C. (2020). A long road/read to rapid high-resolution HLA typing: The nanopore perspective. Human Immunology.
https://doi.org/10.1016/j.humimm.2020.04.009
Profaizer, T., & Kumánovics, A. (2018). Human Leukocyte Antigen Typing by Next-Generation Sequencing. In Clinics in Laboratory Medicine (Vol. 38, Issue 4, pp. 565-578). W.B. Saunders. https://doi.org/10.1016/j.cll.2018.07.006
Osoegawa, K., Vayntrub, T. A., Wenda, S., De Santis, D., Barsakis, K., Ivanova, M., Hsu, S., Barone, J., Holdsworth, R., Diviney, M., Askar, M., Willis, A., Railton, D., Laflin, S., Gendzekhadze, K., Oki, A., Sacchi, N., Mazzocco, M., Andreani, M., ? Fernandez-Vi?a, M. A. (2019). Quality control project of NGS HLA genotyping for the 17th International HLA and Immunogenetics Workshop. Human Immunology, 80(4), 228-236. https://doi.org/10.1016/j.humimm.2019.01.009
Databáze:
IMGT/HLA (http://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/nomenclature/),
The HLA Adverse Drug Reaction Database (http://www.allelefrequencies.net/hla-adr/default.asp),
PharmGKB (https://www.pharmgkb.org)
Seznam doporučené literatury
Profaizer, T., Lázár-Molnár, E., Close, D. W., Delgado, J. C., & Kumánovics, A. (2016). HLA genotyping in the clinical laboratory: Comparison of next-generation sequencing methods. HLA, 88(1-2), 14-24. https://doi.org/10.1111/tan.12850
Liu, C., Duffy, B. F., Weimer, E. T., Montgomery, M. C., Jennemann, J. E., Hill, R., Phelan, D., Lay, L., & Parikh, B. A. (2020). Performance of a multiplexed ampliconbased next-generation sequencing assay for HLA typing. PLoS ONE, 15(4). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232050
Liu, C. (2020). A long road/read to rapid high-resolution HLA typing: The nanopore perspective. Human Immunology.
https://doi.org/10.1016/j.humimm.2020.04.009
Profaizer, T., & Kumánovics, A. (2018). Human Leukocyte Antigen Typing by Next-Generation Sequencing. In Clinics in Laboratory Medicine (Vol. 38, Issue 4, pp. 565-578). W.B. Saunders. https://doi.org/10.1016/j.cll.2018.07.006
Osoegawa, K., Vayntrub, T. A., Wenda, S., De Santis, D., Barsakis, K., Ivanova, M., Hsu, S., Barone, J., Holdsworth, R., Diviney, M., Askar, M., Willis, A., Railton, D., Laflin, S., Gendzekhadze, K., Oki, A., Sacchi, N., Mazzocco, M., Andreani, M., ? Fernandez-Vi?a, M. A. (2019). Quality control project of NGS HLA genotyping for the 17th International HLA and Immunogenetics Workshop. Human Immunology, 80(4), 228-236. https://doi.org/10.1016/j.humimm.2019.01.009
Databáze:
IMGT/HLA (http://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/nomenclature/),
The HLA Adverse Drug Reaction Database (http://www.allelefrequencies.net/hla-adr/default.asp),
PharmGKB (https://www.pharmgkb.org)
Přílohy volně vložené
1 CD ROM
Přílohy vázané v práci
ilustrace
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
1. Prezentace výsledků bakalářské práce.
2. Diskuze k posudku vedoucího bakalářské práce.
3. Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k BP.