Diplomová práce se zabývá patogenními bakteriemi Arcobacter spp. a jejich identifikací. Teoretická část shrnuje informace o tomto bakteriálním rodu, o jeho charakteristických vlastnostech, výskytu, patogenitě a faktorech virulence. Dále jsou zde obsaženy kapitoly o kultivačních metodách a molekulárně-biologických metodách identifikace. Cílem experimentální části práce bylo identifikovat sbírkové kmeny těchto bakterií na základě různých PCR protokolů s různou identifikační schopností. Dále byla optimalizována 16S rRNA-RFLP metoda pro identifikaci zástupců čeledi Arcobacteraceae. Všechny identifikační postupy byly aplikovány také na kmeny arkobakterů izolované z vzorků izolovaných z potravin a zdrojů vod. Na základě získaných výsledků byly jednotlivé metody porovnány a jejich vhodnost k identifikaci arkobakterů diskutována.
Anotace v angličtině
The master thesis deals with pathogenic bacteria Arcobacter spp. and their identification. The theoretical part summarizes information about this bacterial genus, about its characteristics, occurrence, pathogenicity and virulence factors. There are also chapters about cultivation method and molecular-biological methods of identification. The aim of the experimental part of the study was to identify collection strains of these bacteria on the basis of different PCR protocols with different identification capabilities. Furthermore was optimized the 16S rRNA-RFLP method for the identification the representatives of Arcobacteracea. All identification procedures were also applied to arcobacter strains isolated from samples isolated from food and water sources. Based on the obtained results, the individual methods were compared and their suitability for the identification of arcobacteria was discussed.
Diplomová práce se zabývá patogenními bakteriemi Arcobacter spp. a jejich identifikací. Teoretická část shrnuje informace o tomto bakteriálním rodu, o jeho charakteristických vlastnostech, výskytu, patogenitě a faktorech virulence. Dále jsou zde obsaženy kapitoly o kultivačních metodách a molekulárně-biologických metodách identifikace. Cílem experimentální části práce bylo identifikovat sbírkové kmeny těchto bakterií na základě různých PCR protokolů s různou identifikační schopností. Dále byla optimalizována 16S rRNA-RFLP metoda pro identifikaci zástupců čeledi Arcobacteraceae. Všechny identifikační postupy byly aplikovány také na kmeny arkobakterů izolované z vzorků izolovaných z potravin a zdrojů vod. Na základě získaných výsledků byly jednotlivé metody porovnány a jejich vhodnost k identifikaci arkobakterů diskutována.
Anotace v angličtině
The master thesis deals with pathogenic bacteria Arcobacter spp. and their identification. The theoretical part summarizes information about this bacterial genus, about its characteristics, occurrence, pathogenicity and virulence factors. There are also chapters about cultivation method and molecular-biological methods of identification. The aim of the experimental part of the study was to identify collection strains of these bacteria on the basis of different PCR protocols with different identification capabilities. Furthermore was optimized the 16S rRNA-RFLP method for the identification the representatives of Arcobacteracea. All identification procedures were also applied to arcobacter strains isolated from samples isolated from food and water sources. Based on the obtained results, the individual methods were compared and their suitability for the identification of arcobacteria was discussed.
1. Seznamte se s literárními prameny v dané oblasti a vypracujte rešerši vztahující se k zadanému tématu. V úvodu práce se věnujte shrnutí základních informací o bakteriích čeledi Arcobacteraceae.
2. Uveďte dosavadní poznatky o "Arcobacter-like" mikroorganismech, a to v historickém i současném pohledu. Zpracujte přehled o možnostech identifikace těchto bakterií.
Experimentální část:
1. Identifikujte vybrané sbírkové kmeny arkobakterů pomocí různých protokolů PCR, získané výsledky srovnejte a vhodně interpretujte. V rámci časových možností se pokuste zavést identifikaci arkobakterů metodou RFLP v podmínkách molekulárně-biologických laboratoří katedry.
2. Optimalizované metody aplikujte i na kmeny izolované z přirozeného prostředí.
3. Získané výsledky vhodným způsobem interpretujte.
4. Diplomovou práci zpracujte v souladu se Směrnicí č. 7/2019 Univerzity Pardubice "Pravidla pro odevzdávání, zveřejňování a formální úpravu závěrečných prací".
Zásady pro vypracování
Teoretická část:
1. Seznamte se s literárními prameny v dané oblasti a vypracujte rešerši vztahující se k zadanému tématu. V úvodu práce se věnujte shrnutí základních informací o bakteriích čeledi Arcobacteraceae.
2. Uveďte dosavadní poznatky o "Arcobacter-like" mikroorganismech, a to v historickém i současném pohledu. Zpracujte přehled o možnostech identifikace těchto bakterií.
Experimentální část:
1. Identifikujte vybrané sbírkové kmeny arkobakterů pomocí různých protokolů PCR, získané výsledky srovnejte a vhodně interpretujte. V rámci časových možností se pokuste zavést identifikaci arkobakterů metodou RFLP v podmínkách molekulárně-biologických laboratoří katedry.
2. Optimalizované metody aplikujte i na kmeny izolované z přirozeného prostředí.
3. Získané výsledky vhodným způsobem interpretujte.
4. Diplomovou práci zpracujte v souladu se Směrnicí č. 7/2019 Univerzity Pardubice "Pravidla pro odevzdávání, zveřejňování a formální úpravu závěrečných prací".
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího práce.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího práce.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Odůvodnění nezveřejnění VŠKP
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Studentka seznámila členy zkušební komise s obsahem své diplomové práce, poté byla seznámena s posudky vedoucího
a oponenta diplomové práce. Studentka odpověděla na otázky oponenta diplomové práce a členů zkušební komise.