Diplomová práce se zabývá vývojem shotgun metody, kde je vzorek do hmotnostního spektrometru zaváděn pomocí průtokové injekční analýzy, pro kvantitativní analýzu sfingomyelinů, ceramidů, hexosylceramidů a dihexosylceramidů v lidské plazmě. V teoretické části jsou nejprve shrnuty základní informace o lipidech, zejména sfingolipidech, hmotnostní spektrometrii, lipidomice a validaci analytické metody. Cílem práce bylo zoptimalizovat a validovat metodu, aplikovat ji pro stanovení koncentrací vybraných sfingolipidů ve standardním referenčním materiálu NIST SRM 1950 a výsledky porovnat s dostupnými údaji v literatuře. Optimalizovaná metoda byla finálně použita pro měření malé kohorty klinických vzorků zahrnujicí plazmu pacientů s kolorektálním karcinomem a zdravých kontrol.
Anotace v angličtině
The diploma thesis focuses on the development of a shotgun method, where the sample is introduced to a mass spectrometer by flow injection analysis, for quantitative analysis of sphingomyelins, ceramides, hexosylceramides and dihexosylceramides in human plasma. The theoretical part summarises the basic information about lipids, particularly sphingolipids, mass spectrometry, lipidomics, and validation of the analytical method. The aim of the work was to optimize and validate the method, apply it to determine the concentrations of selected sphingolipids in the NIST SRM 1950 standard reference material, and compare the obtained results with available data in the literature. The optimized method was finally used for a small clinical cohort including plasma samples of healthy controls and patients with colorectal carcinoma.
mass spectrometry, lipidomics, cancer, sphingolipids, shotgun, validation
Rozsah průvodní práce
-
Jazyk
CZ
Anotace
Diplomová práce se zabývá vývojem shotgun metody, kde je vzorek do hmotnostního spektrometru zaváděn pomocí průtokové injekční analýzy, pro kvantitativní analýzu sfingomyelinů, ceramidů, hexosylceramidů a dihexosylceramidů v lidské plazmě. V teoretické části jsou nejprve shrnuty základní informace o lipidech, zejména sfingolipidech, hmotnostní spektrometrii, lipidomice a validaci analytické metody. Cílem práce bylo zoptimalizovat a validovat metodu, aplikovat ji pro stanovení koncentrací vybraných sfingolipidů ve standardním referenčním materiálu NIST SRM 1950 a výsledky porovnat s dostupnými údaji v literatuře. Optimalizovaná metoda byla finálně použita pro měření malé kohorty klinických vzorků zahrnujicí plazmu pacientů s kolorektálním karcinomem a zdravých kontrol.
Anotace v angličtině
The diploma thesis focuses on the development of a shotgun method, where the sample is introduced to a mass spectrometer by flow injection analysis, for quantitative analysis of sphingomyelins, ceramides, hexosylceramides and dihexosylceramides in human plasma. The theoretical part summarises the basic information about lipids, particularly sphingolipids, mass spectrometry, lipidomics, and validation of the analytical method. The aim of the work was to optimize and validate the method, apply it to determine the concentrations of selected sphingolipids in the NIST SRM 1950 standard reference material, and compare the obtained results with available data in the literature. The optimized method was finally used for a small clinical cohort including plasma samples of healthy controls and patients with colorectal carcinoma.
mass spectrometry, lipidomics, cancer, sphingolipids, shotgun, validation
Zásady pro vypracování
1. Vypracujte literární rešerši zaměřenou na lipidy zejména z kategorie sfingolipidů, diskutujte jejich biologickou důležitost a možnosti jejich analýzy s využitím hmotnostní spektrometrie včetně správné přípravy vzorku a parametrů validace metody.
2. Zoptimalizujte metodu pro kvantitativní analýzu sfingomyelinů společně s koncentračně méně zastoupenými sfingolipidy jako jsou např. ceramidy, hexosylceramidy a dihexosylceramidy v extraktu lidské plasmy s využitím "shotgun" přístupu na trojitém kvadrupólu a zavedením vzorku pomocí průtokové injekční analýzy.
3. Zoptimalizovanou metodu validujte a aplikujte pro stanovení koncentrací vybraných sfingolipidů ve standardním referenčním materiálu NIST SRM 1950 (metabolity ve zmrazené lidské plazmě) a srovnejte výsledky s dostupnými daty z literatury.
Zásady pro vypracování
1. Vypracujte literární rešerši zaměřenou na lipidy zejména z kategorie sfingolipidů, diskutujte jejich biologickou důležitost a možnosti jejich analýzy s využitím hmotnostní spektrometrie včetně správné přípravy vzorku a parametrů validace metody.
2. Zoptimalizujte metodu pro kvantitativní analýzu sfingomyelinů společně s koncentračně méně zastoupenými sfingolipidy jako jsou např. ceramidy, hexosylceramidy a dihexosylceramidy v extraktu lidské plasmy s využitím "shotgun" přístupu na trojitém kvadrupólu a zavedením vzorku pomocí průtokové injekční analýzy.
3. Zoptimalizovanou metodu validujte a aplikujte pro stanovení koncentrací vybraných sfingolipidů ve standardním referenčním materiálu NIST SRM 1950 (metabolity ve zmrazené lidské plazmě) a srovnejte výsledky s dostupnými daty z literatury.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího práce.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucího práce.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Studentka seznámila členy zkušební komise s obsahem své diplomové práce včetně teoretické, experimentální části a výsledků práce. Studentka byla dále seznámena s posudky vedoucího a oponenta diplomové práce. Na závěr studentka zodpověděla dotazy členů zkušební komise.