Práce pojednává o Arcobacter-like species a možnostech jejich typizace, především pomocí metody pulzní gelové elektroforézy. Cílem této práce je čtenáře v první části seznámit s charakteristikou a problematikou výskytu bakterií Arcobacter-like species. Další část je věnována podrobnému popisu metody pulzní gelové elektroforézy a dalším metodám pro typizace mikroorganismů.
V rámci této diplomové práce byla v první řadě metoda PFGE optimalizována a zavedena pro typizaci vybraných sbírkových kmenů a izolátů Arcobacter-like species. Dále byla provedena izolace kmenů Arcobacter-like species pro ověření kmenové diverzity v rámci vzorků drůbežího masa s následnou identifikací těchto izolovaných kmenů pomocí mPCR.
Anotace v angličtině
This work deals with Arcobacter-like species and the possibilities of their typing, especially using the method of pulse-field gel electrophoresis. The aim of this work is to get acquaint the reader with the characteristics and problems of the occurrence of bacteria Arcobacter-like species in the first part. The next part is devoted to a detailed description of the method of pulse-field gel electrophoresis and other methods for typing microorganisms.
In the framework of this thesis the PFGE method was optimized and introduced for the typing of selected collection strains and isolates of Arcobacter-like species. Furthermore the isolation of Arcobacter-like species strains was performed to verify the strain diversity within the poultry meat samples. It was followed by the identification of these isolated strains by mPCR.
Arcobacter-like species, microbial typing, pulse-field gel electrophoresis, PFGE
Rozsah průvodní práce
105
Jazyk
CZ
Anotace
Práce pojednává o Arcobacter-like species a možnostech jejich typizace, především pomocí metody pulzní gelové elektroforézy. Cílem této práce je čtenáře v první části seznámit s charakteristikou a problematikou výskytu bakterií Arcobacter-like species. Další část je věnována podrobnému popisu metody pulzní gelové elektroforézy a dalším metodám pro typizace mikroorganismů.
V rámci této diplomové práce byla v první řadě metoda PFGE optimalizována a zavedena pro typizaci vybraných sbírkových kmenů a izolátů Arcobacter-like species. Dále byla provedena izolace kmenů Arcobacter-like species pro ověření kmenové diverzity v rámci vzorků drůbežího masa s následnou identifikací těchto izolovaných kmenů pomocí mPCR.
Anotace v angličtině
This work deals with Arcobacter-like species and the possibilities of their typing, especially using the method of pulse-field gel electrophoresis. The aim of this work is to get acquaint the reader with the characteristics and problems of the occurrence of bacteria Arcobacter-like species in the first part. The next part is devoted to a detailed description of the method of pulse-field gel electrophoresis and other methods for typing microorganisms.
In the framework of this thesis the PFGE method was optimized and introduced for the typing of selected collection strains and isolates of Arcobacter-like species. Furthermore the isolation of Arcobacter-like species strains was performed to verify the strain diversity within the poultry meat samples. It was followed by the identification of these isolated strains by mPCR.
Arcobacter-like species, microbial typing, pulse-field gel electrophoresis, PFGE
Zásady pro vypracování
Teoretická část:
Seznamte se s literárními prameny v dané oblasti a vypracujte rešerši vztahující se k zadanému tématu. V úvodu práce se věnujte shrnutí základních informací o bakteriích čeledi Arcobacteraceae.
Zpracujte literární rešerši o možnostech typizace těchto bakterií, zejména pak se zaměřením na molekulárně-biologické postupy.
Experimentální část:
Zaveďte a optimalizujte metodu pulzní gelové elektroforézy (PFGE) pro identifikaci sbírkových kmenů "Arcobacter-like species" v prostředí molekulárně-biologických laboratoří katedry.
Identifikujte předložené izoláty "Arcobacter-like species" a všímejte si kmenových rozdílů v DNA restrikční fragmentaci.
Získané výsledky vhodným způsobem interpretujte.
Diplomovou práci zpracujte v souladu se Směrnicí č. 7/2019 Univerzity Pardubice "Pravidla pro odevzdávání, zveřejňování a formální úpravu závěrečných prací".
Zásady pro vypracování
Teoretická část:
Seznamte se s literárními prameny v dané oblasti a vypracujte rešerši vztahující se k zadanému tématu. V úvodu práce se věnujte shrnutí základních informací o bakteriích čeledi Arcobacteraceae.
Zpracujte literární rešerši o možnostech typizace těchto bakterií, zejména pak se zaměřením na molekulárně-biologické postupy.
Experimentální část:
Zaveďte a optimalizujte metodu pulzní gelové elektroforézy (PFGE) pro identifikaci sbírkových kmenů "Arcobacter-like species" v prostředí molekulárně-biologických laboratoří katedry.
Identifikujte předložené izoláty "Arcobacter-like species" a všímejte si kmenových rozdílů v DNA restrikční fragmentaci.
Získané výsledky vhodným způsobem interpretujte.
Diplomovou práci zpracujte v souladu se Směrnicí č. 7/2019 Univerzity Pardubice "Pravidla pro odevzdávání, zveřejňování a formální úpravu závěrečných prací".
Seznam doporučené literatury
-
Seznam doporučené literatury
-
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Odůvodnění nezveřejnění VŠKP
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
1. Prezentace výsledků diplomové práce
2. Diskuze k posudkům vedoucího a oponenta diplomové práce.
3. Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k DP.