Diplomová práce se zabývá optimalizací podmínek robotických syntéz peptidů v mikromolárním měřítku pomocí automatického syntetizátoru MultiPep RSi. K nastavení parametrů robotického syntetizátoru byly využity 4 standardy oligopeptidů. Jako standardy byly syntetizovány a izolovány v čisté formě oligopeptidy: oxytocin, vazopresin, ACP a jeden peptid s ad hoc navrženou sekvencí. Standardy byly purifikovány pomocí preparativní HPLC, jejich čistota a chemická struktura byla analyzována pomocí RP-UPLC, HRMS a HPLC-MS analýzy. Syntézy testovacích peptidů byly provedeny na syntetizátorech Symphony a LibertyBlue. Následně bylo provedeno zkoumání řady parametrů robotického syntetizátoru pro syntézu 4 testovacích peptidů za různých procesních podmínek. Na základě získaných poznatků byl navržen optimalizovaný protokol syntézy. Pomocí optimalizovaného postupu byla provedena úspěšná ověřovací syntéza dvou delších peptidů sestávajících z 15 a 21 aminokyselin.
Anotace v angličtině
This master's thesis deals with the optimization of robotic peptide synthesis conditions in micromolar scale using the automatic synthesizer MultiPep RSi. Four oligopeptide standards have been used to set the parameters of the robotic synthesizer. Oligopeptides: oxytocin, vasopresin, ACP, and one peptide with an ad hoc designed sequence have been synthesized and isolated in pure forms. The standards have been purified by preparative HPLC. Purity and chemical structure analysis were provided using RP-UPLC, HRMS and HPLC-MS analysis. Synthesis of the test peptides was performed using Symphony and LibertyBlue synthesizers. A number of robotic synthesizer parameters for the synthesis of the four test peptides under different process conditions have been investigated. Based on the acquired knowledge, an optimized synthesis protocol has been designed. Using an optimized procedure, a successful validation synthesis of two longer peptides consisting of 15 and 21 amino acids has been performed.
Klíčová slova
Peptidy, syntéza na pevné fázi, SPPS, robotická syntéza, optimalizace procesů.
Klíčová slova v angličtině
Peptides, solid phase peptide synthesis, SPPS, robotic synthesis, process optimization.
Rozsah průvodní práce
88 s. (91 935 znaků)
Jazyk
CZ
Anotace
Diplomová práce se zabývá optimalizací podmínek robotických syntéz peptidů v mikromolárním měřítku pomocí automatického syntetizátoru MultiPep RSi. K nastavení parametrů robotického syntetizátoru byly využity 4 standardy oligopeptidů. Jako standardy byly syntetizovány a izolovány v čisté formě oligopeptidy: oxytocin, vazopresin, ACP a jeden peptid s ad hoc navrženou sekvencí. Standardy byly purifikovány pomocí preparativní HPLC, jejich čistota a chemická struktura byla analyzována pomocí RP-UPLC, HRMS a HPLC-MS analýzy. Syntézy testovacích peptidů byly provedeny na syntetizátorech Symphony a LibertyBlue. Následně bylo provedeno zkoumání řady parametrů robotického syntetizátoru pro syntézu 4 testovacích peptidů za různých procesních podmínek. Na základě získaných poznatků byl navržen optimalizovaný protokol syntézy. Pomocí optimalizovaného postupu byla provedena úspěšná ověřovací syntéza dvou delších peptidů sestávajících z 15 a 21 aminokyselin.
Anotace v angličtině
This master's thesis deals with the optimization of robotic peptide synthesis conditions in micromolar scale using the automatic synthesizer MultiPep RSi. Four oligopeptide standards have been used to set the parameters of the robotic synthesizer. Oligopeptides: oxytocin, vasopresin, ACP, and one peptide with an ad hoc designed sequence have been synthesized and isolated in pure forms. The standards have been purified by preparative HPLC. Purity and chemical structure analysis were provided using RP-UPLC, HRMS and HPLC-MS analysis. Synthesis of the test peptides was performed using Symphony and LibertyBlue synthesizers. A number of robotic synthesizer parameters for the synthesis of the four test peptides under different process conditions have been investigated. Based on the acquired knowledge, an optimized synthesis protocol has been designed. Using an optimized procedure, a successful validation synthesis of two longer peptides consisting of 15 and 21 amino acids has been performed.
Klíčová slova
Peptidy, syntéza na pevné fázi, SPPS, robotická syntéza, optimalizace procesů.
Klíčová slova v angličtině
Peptides, solid phase peptide synthesis, SPPS, robotic synthesis, process optimization.
Zásady pro vypracování
Proveďte literární rešerši, ve které shrnete strategie pro syntézu peptidů na pevné fázi (SPPS). Zaměřte se též na využití robotických syntetizátorů v této oblasti chemie.
Připravte alespoň 3 standardy oligopeptidů, které využijete k optimalizaci syntéz v měřítku 5 až 10 \recke{mu
Proveďte s využitím přístroje MultiPep RSi ověřovací syntézy alespoň dvou peptidů sestávajících z více než deseti aminokyselin. K ověření využijte dříve optimalizované parametry pro měřítko 5 až 10 \recke{mu
mol.
Výsledky zpracujte formou závěrečné práce.
Zásady pro vypracování
Proveďte literární rešerši, ve které shrnete strategie pro syntézu peptidů na pevné fázi (SPPS). Zaměřte se též na využití robotických syntetizátorů v této oblasti chemie.
Připravte alespoň 3 standardy oligopeptidů, které využijete k optimalizaci syntéz v měřítku 5 až 10 \recke{mu
Proveďte s využitím přístroje MultiPep RSi ověřovací syntézy alespoň dvou peptidů sestávajících z více než deseti aminokyselin. K ověření využijte dříve optimalizované parametry pro měřítko 5 až 10 \recke{mu
mol.
Výsledky zpracujte formou závěrečné práce.
Seznam doporučené literatury
Veškerá dostupná odborná literatura.
Seznam doporučené literatury
Veškerá dostupná odborná literatura.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, grafy, schémata, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Ocenění práce
Ocenění (Cena společnosti Pfizer)
Záznam průběhu obhajoby
Diplomant přednesl cca 15 min. přednášku na téma své diplomové práce s názvem "Optimalizace robotických syntéz peptidů na pevném nosiči v mikromolárním měřítku". Po přečtení posudku školitele a oponenta se diplomant vyjádřil k dotazům oponentského posudku.
K obhajobě práce byly dále vzneseny následující dotazy:
prof. Cibulka:
Jaké jsou zdroje, kde se získávají výchozí látky?
prof. Ludwig:
Jaké jsou doby trvání syntéz na zmíněných přístrojích?