Diplomová práce se zabývá sledováním genové exprese N-acetyltransferáz v HK-2 buňkách. Teoretická část se věnuje popisu biotransformace xenobiotik se zaměřením na vybrané enzymy. Důraz byl kladen hlavně na N-acetyltransferázy. V závěru se teoretická část zabývala buněčnou linií HK-2 a popisem polymerázové řetězové reakce se zaměřením na PCR v reálném čase a s reverzní transkripcí.
Experimentální část je zaměřena na sledování genové exprese N-acetyltransferáz
indukovanou acetaminofenem a cisplatinou v adherentní buněčné linii ledvinných proximálních tubulů HK-2. Genová exprese byla sledována metodou RT-PCR. Za tímto účelem byly navrženy oligonukleotidy pro geny N-acetyltransferáz a referenční geny. Následně byly optimalizovány podmínky pro jejich použití pro metodu RT-PCR.
Anotace v angličtině
This thesis deals with the monitoring of gene expression of Nacetyltransferases in HK-2 cells. The theoretical part is devoted to the description of the biotransformation of xenobiotics with a focus on selected enzymes. The emphasis was mainly on N-acetyltransferases. In conclusion, the theoretical part dealt with the HK-2 cell line and the description of polymerase chain reaction with a focus on real-time PCR and reverse transcription. The experimental part focuses on monitoring gene expression of N-acetyltransferases induced by acetaminophen and cisplatin in the HK-2 adherent proximal renal tubule cell line. Gene expression was monitored by RT-PCR. For this purpose, oligonucleotides for N-acetyltransferase genes and reference genes were designed. Subsequently, the conditions for their use for RT-PCR were optimized.
Klíčová slova
N-acetyltransferáza, genová exprese, RT-PCR, biotransformace, cisplatina, acetaminofen, adherentní buněčná linie
Klíčová slova v angličtině
N-acetyltransferase, gene expression, RT-PCR, biotransformation, cisplatin, acetaminophen, adherent cell line
Rozsah průvodní práce
96
Jazyk
CZ
Anotace
Diplomová práce se zabývá sledováním genové exprese N-acetyltransferáz v HK-2 buňkách. Teoretická část se věnuje popisu biotransformace xenobiotik se zaměřením na vybrané enzymy. Důraz byl kladen hlavně na N-acetyltransferázy. V závěru se teoretická část zabývala buněčnou linií HK-2 a popisem polymerázové řetězové reakce se zaměřením na PCR v reálném čase a s reverzní transkripcí.
Experimentální část je zaměřena na sledování genové exprese N-acetyltransferáz
indukovanou acetaminofenem a cisplatinou v adherentní buněčné linii ledvinných proximálních tubulů HK-2. Genová exprese byla sledována metodou RT-PCR. Za tímto účelem byly navrženy oligonukleotidy pro geny N-acetyltransferáz a referenční geny. Následně byly optimalizovány podmínky pro jejich použití pro metodu RT-PCR.
Anotace v angličtině
This thesis deals with the monitoring of gene expression of Nacetyltransferases in HK-2 cells. The theoretical part is devoted to the description of the biotransformation of xenobiotics with a focus on selected enzymes. The emphasis was mainly on N-acetyltransferases. In conclusion, the theoretical part dealt with the HK-2 cell line and the description of polymerase chain reaction with a focus on real-time PCR and reverse transcription. The experimental part focuses on monitoring gene expression of N-acetyltransferases induced by acetaminophen and cisplatin in the HK-2 adherent proximal renal tubule cell line. Gene expression was monitored by RT-PCR. For this purpose, oligonucleotides for N-acetyltransferase genes and reference genes were designed. Subsequently, the conditions for their use for RT-PCR were optimized.
Klíčová slova
N-acetyltransferáza, genová exprese, RT-PCR, biotransformace, cisplatina, acetaminofen, adherentní buněčná linie
Klíčová slova v angličtině
N-acetyltransferase, gene expression, RT-PCR, biotransformation, cisplatin, acetaminophen, adherent cell line
Zásady pro vypracování
Teoretická část:
Zpracujte literární rešerši zaměřenou na biotransformaci xenobiotik s důrazem na popis N-acetyltransferáz. Dále charakterizujte toxicitu vybraných látek in vitro. Zaměřte se zejména na mechanismy biotransformace po inkubaci buněk s acetaminofenem a cisplatinou.
V rámci teoretické části dále popište polymerázovou řetězcovou reakci (PCR), se zaměřením na PCR v reálném čase a s reverzní transkripcí (RT-PCR). Vysvětlete princip a uveďte přehled reagencií/látek, které jsou nezbytné pro experimentální provedení. Popište také některé další modifikace PCR. Dále uveďte příklady buněčných modelů pro studium nefrotoxicity vybraných látek in vitro, soustřeďte se pak především na buněčnou linii proximálních ledvinných tubulů HK-2.
Experimentální část:
V rámci praktické části se zaměřte na sledování genové exprese N-acetyltransferáz, která bude indukována působením modelových toxinů (např. acetaminofen, cisplatina) v adherentní buněčné linii proximálních ledvinných tubulů HK-2. K tomuto účelu využijte metodu RT PCR. Navrhněte oligonukleotidy pro příslušné geny včetně genů referenčních, a optimalizujte podmínky pro jejich použití.
Získaná experimentální data zpracujte a diskutujte. Výsledky práce následně porovnejte s výstupy jiných autorů.
Zásady pro vypracování
Teoretická část:
Zpracujte literární rešerši zaměřenou na biotransformaci xenobiotik s důrazem na popis N-acetyltransferáz. Dále charakterizujte toxicitu vybraných látek in vitro. Zaměřte se zejména na mechanismy biotransformace po inkubaci buněk s acetaminofenem a cisplatinou.
V rámci teoretické části dále popište polymerázovou řetězcovou reakci (PCR), se zaměřením na PCR v reálném čase a s reverzní transkripcí (RT-PCR). Vysvětlete princip a uveďte přehled reagencií/látek, které jsou nezbytné pro experimentální provedení. Popište také některé další modifikace PCR. Dále uveďte příklady buněčných modelů pro studium nefrotoxicity vybraných látek in vitro, soustřeďte se pak především na buněčnou linii proximálních ledvinných tubulů HK-2.
Experimentální část:
V rámci praktické části se zaměřte na sledování genové exprese N-acetyltransferáz, která bude indukována působením modelových toxinů (např. acetaminofen, cisplatina) v adherentní buněčné linii proximálních ledvinných tubulů HK-2. K tomuto účelu využijte metodu RT PCR. Navrhněte oligonukleotidy pro příslušné geny včetně genů referenčních, a optimalizujte podmínky pro jejich použití.
Získaná experimentální data zpracujte a diskutujte. Výsledky práce následně porovnejte s výstupy jiných autorů.
Seznam doporučené literatury
Ke zpracování literárního přehledu využijte elektronické databáze
(ScienceDirect, NCBI, PubMed, Web of Science)
Seznam doporučené literatury
Ke zpracování literárního přehledu využijte elektronické databáze
(ScienceDirect, NCBI, PubMed, Web of Science)
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, grafy, schémata, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
1. Prezentace výsledků diplomové práce.
2. Diskuze k posudkům vedoucího a oponenta diplomové práce.
3. Studentka zodpověděla všechny dotazy a připomínky k diplomové práci.