|
|
Hlavní nabídka Prohlížení IS/STAG
Nalezené předměty, počet: 1
Stránkování výsledků vyhledávání
Nalezeno 1 záznamů
Export do Xls
Informace o předmětu
KBBV / CA143
:
Popis předmětu
Pracoviště / Zkratka
|
KBBV
/
CA143
|
Akademický rok
|
2023/2024
|
Akademický rok
|
2023/2024
|
Název
|
Moderní metody analýzy proteinů
|
Způsob zakončení
|
Zkouška
|
Způsob zakončení
|
Zkouška
|
Akreditováno / Kredity
|
Ano,
0
Kred.
|
Forma zakončení
|
Kombinovaná
|
Forma zakončení
|
Kombinovaná
|
Rozsah hodin
|
|
Zápočet před zkouškou
|
Ne
|
Zápočet před zkouškou
|
Ne
|
Automatické uznávání zápočtu před zkouškou
|
Ne
|
Počítán do průměru
|
NE
|
Vyučovací jazyk
|
Angličtina
|
Obs/max
|
|
|
|
Automatické uznávání zápočtu před zkouškou
|
Ne
|
Letní semestr
|
0 / -
|
0 / -
|
0 / -
|
Počítán do průměru
|
NE
|
Zimní semestr
|
0 / -
|
0 / -
|
0 / -
|
Opakovaný zápis
|
NE
|
Opakovaný zápis
|
NE
|
Rozvrh
|
Ano
|
Vyučovaný semestr
|
Zimní + Letní
|
Vyučovaný semestr
|
Zimní + Letní
|
Minimum (B + C) studentů
|
nestanoveno
|
Volně zapisovatelný předmět |
Ano
|
Volně zapisovatelný předmět
|
Ano
|
Vyučovací jazyk
|
Angličtina
|
Počet dnů praxe
|
0
|
Počet hodin kontaktní výuky |
0
|
Hodnotící stupnice |
S|N |
Periodicita |
každý rok
|
Periodicita upřesnění |
|
Základní teoretický předmět |
Ne
|
Profilující předmět |
Ne
|
Základní teoretický předmět |
Ne
|
Hodnotící stupnice |
S|N |
Nahrazovaný předmět
|
KBBV/CD143
|
Vyloučené předměty
|
Nejsou definovány
|
Podmiňující předměty
|
Nejsou definovány
|
Předměty informativně doporučené
|
Nejsou definovány
|
Předměty,které předmět podmiňuje
|
Nejsou definovány
|
Graf četnosti udělených hodnocení studentům napříč roky:
Obrázek PNG
,
XLS
|
Cíle předmětu (anotace):
|
Úvod, definice pojmů, vymezení oboru proteomiky, návaznost na jiné separační a analytické metody. Příprava vzorku, izolace a purifikace bílkovin, separační metody používané v proteomice. Separace bílkovin pomocí isoelektrické fokusace. Aplikace isoelektrické fokusace jako první dimenze 2D gelové elektroforézy. SDS-PAGE pro separaci bílkovin a její použití jako druhé dimenze v 2D gelové elektroforéze. Analýza obrazu v gelové elektroforéze, zpracování jednotlivých spotů, činidla a enzymy pro digesci bílkovin. Proteomické přístupy bez použití gelové elektroforézy, vícerozměrná proteinová identifikační technologie. Hmotnostní spektrometrie (MS), principy a možnosti v analýze biomolekul (peptidů, bílkovin). Příprava vzorku pro hmotnostně-spektrometrickou analýzu pomocí MALDI a ESI ionizačních technik. Vlastnosti peptidů a bílkovin důležité pro analýzu MS. Identifikace bílkovin pomocí tandemové MS, de-novo sekvenace peptidů, posttranslační modifikace proteinů. Databáze, programové nástroje a bioinformatické zpracování proteomických dat. Metody kvantifikace bílkovin. Použití metod značení bílkovin a peptidů. Kvantifikační metody bez použití chemického značení. Aplikace proteomických metod a jejich kombinací v praxi.
|
Požadavky na studenta
|
-
|
Obsah
|
Úvod, definice pojmů, vymezení oboru proteomiky, návaznost na jiné separační a analytické metody. Příprava vzorku, izolace a purifikace bílkovin, separační metody používané v proteomice. Separace bílkovin pomocí isoelektrické fokusace. Aplikace isoelektrické fokusace jako první dimenze 2D gelové elektroforézy. SDS-PAGE pro separaci bílkovin a její použití jako druhé dimenze v 2D gelové elektroforéze. Analýza obrazu v gelové elektroforéze, zpracování jednotlivých spotů, činidla a enzymy pro digesci bílkovin. Proteomické přístupy bez použití gelové elektroforézy, vícerozměrná proteinová identifikační technologie. Hmotnostní spektrometrie (MS), principy a možnosti v analýze biomolekul (peptidů, bílkovin). Příprava vzorku pro hmotnostně-spektrometrickou analýzu pomocí MALDI a ESI ionizačních technik. Vlastnosti peptidů a bílkovin důležité pro analýzu MS. Identifikace bílkovin pomocí tandemové MS, de-novo sekvenace peptidů, posttranslační modifikace proteinů. Databáze, programové nástroje a bioinformatické zpracování proteomických dat. Metody kvantifikace bílkovin. Použití metod značení bílkovin a peptidů. Kvantifikační metody bez použití chemického značení. Aplikace proteomických metod a jejich kombinací v praxi.
|
Aktivity
|
|
Studijní opory
|
|
Garanti a vyučující
|
|
Literatura
|
-
Doporučená:
Vidová V., Spáčil Z. A review on mass spectrometry-based quantitative proteomics: Targeted and data independent acquisition.. Anal. Chim. Acta 964 (2017) 7-23.
-
Doporučená:
May C. et al. Instruments and Methods in Proteomics, in: Data Mining in Proteomics. vol. 696, 2010, Humana Press, pp. 3-26.
-
Doporučená:
Sprenger R.R. et al. Mass Spectrometry Instrumentation in Proteomics. 2012, Wiley online library.
-
Doporučená:
van Riper S.K. et al. Mass Spectrometry-Based Proteomics: Basic Principles and Emerging Technologies and Directions. Radiation Proteomics, 2013, 1-35.
-
Doporučená:
Graves P.R., Haystead T.A.J. Molecular Biologist's Guide to Proteomics. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 66 (2002) 39-63.
-
Doporučená:
Maarten Altelaar F. Next-generation proteomics: towards an integrative view of proteome dynamics. Nat. Rev. Genet. 14 (2013) 35-48.
-
Doporučená:
Aslam B. et al. Proteomics: Technologies and Their Applications. J. Chromatogr. Sci. 55 (2017) 182-196.
-
Doporučená:
Figeys D. The basic overview. In: Industrial Proteomics: Applications for Biotechnology and Pharmaceuticals. 2005, John Wiley & Sons, Hoboken.
|
Předpoklady - další informace k podmíněnosti studia předmětu |
- |
Získané způsobilosti |
- |
Vyučovací metody |
- Metody práce s textem (učebnicí, knihou)
- Metody samostatných akcí
|
Hodnotící metody |
- Ústní zkouška
- Písemná zkouška
- Posouzení zadané práce
|
|
|
|