Tato diplomová práce se zabývá elektrochemickou detekcí hybridizace DNA na povrchu uhlíkových elektrod. Na základě výsledků z předcházející studie, byl pro optimalizaci vybrán povrch uhlíkové pastové elektrody. Práce byla rozšířena pro uhlíkové tištěné elektrody, dále byla použita elektroda ze skelného uhlíku a elektrochemický senzor od firmy BVT. Jednotlivé kroky metody byly optimalizovány tak, aby umožnily lepší citlivost detekce. Kromě adsorpce DNA byla zkoušena hybridizace za vloženého potenciálu, z toho důvodu byla využita i úprava elektrody vloženým potenciálem. Dále bylo testováno několik druhů blokátorů, různá doba hybridizace, přítomnost látek urychlujících hybridizaci a další substráty vhodné pro alkalickou fosfatázu. K celé optimalizaci byly využity syntetické oligonukleotidy a sondy. Optimalizovaná metoda byla použita pro analýzu DNA potenciálně aflatoxinogenních plísní rodu Aspergillus. Vybraný úsek DNA kóduje biosyntézu aflatoxinu B1.
Anotace v angličtině
The thesis deals with electrochemical detection of DNA hybridization on the surface of carbon paste electrode. Based on the results from the previous studies, the surface of the carbon paste electrode was chosen for better optimalization. The work was extended to the screen-printed carbon electrode, and then another glossy carbon electrode and an electrochemical sensor from the BTV Company were used. The particular steps of the method were optimized in order to allow better sensitivity of detection. In addition to the absorption of DNA, hybridization for the embedded potential was used and therefore special adjustments of the electrode were applied. Furthermore several types of blockers, different times of hybridization, the presence of substances accelerating the hybridization and other substrates suitable for alkaline phosphatase were also tested. In the whole optimalization synthetic oligonucleotides and probes were used. The optimized method was applied for DNA analysis of potentially aflatoxigenic fungi of genus Aspergillus. The selected segment of DNA encodes the biosynthesis of aflatoxin B1.
electrochemical detection, carbon electrodes, DNA hybridization, DNA adsorption, Aspergillus spp.
Rozsah průvodní práce
88 s.
Jazyk
CZ
Anotace
Tato diplomová práce se zabývá elektrochemickou detekcí hybridizace DNA na povrchu uhlíkových elektrod. Na základě výsledků z předcházející studie, byl pro optimalizaci vybrán povrch uhlíkové pastové elektrody. Práce byla rozšířena pro uhlíkové tištěné elektrody, dále byla použita elektroda ze skelného uhlíku a elektrochemický senzor od firmy BVT. Jednotlivé kroky metody byly optimalizovány tak, aby umožnily lepší citlivost detekce. Kromě adsorpce DNA byla zkoušena hybridizace za vloženého potenciálu, z toho důvodu byla využita i úprava elektrody vloženým potenciálem. Dále bylo testováno několik druhů blokátorů, různá doba hybridizace, přítomnost látek urychlujících hybridizaci a další substráty vhodné pro alkalickou fosfatázu. K celé optimalizaci byly využity syntetické oligonukleotidy a sondy. Optimalizovaná metoda byla použita pro analýzu DNA potenciálně aflatoxinogenních plísní rodu Aspergillus. Vybraný úsek DNA kóduje biosyntézu aflatoxinu B1.
Anotace v angličtině
The thesis deals with electrochemical detection of DNA hybridization on the surface of carbon paste electrode. Based on the results from the previous studies, the surface of the carbon paste electrode was chosen for better optimalization. The work was extended to the screen-printed carbon electrode, and then another glossy carbon electrode and an electrochemical sensor from the BTV Company were used. The particular steps of the method were optimized in order to allow better sensitivity of detection. In addition to the absorption of DNA, hybridization for the embedded potential was used and therefore special adjustments of the electrode were applied. Furthermore several types of blockers, different times of hybridization, the presence of substances accelerating the hybridization and other substrates suitable for alkaline phosphatase were also tested. In the whole optimalization synthetic oligonucleotides and probes were used. The optimized method was applied for DNA analysis of potentially aflatoxigenic fungi of genus Aspergillus. The selected segment of DNA encodes the biosynthesis of aflatoxin B1.
electrochemical detection, carbon electrodes, DNA hybridization, DNA adsorption, Aspergillus spp.
Zásady pro vypracování
1. Vypracujte literární rešerši na téma elektrochemické detekce hybridizace DNA a vyhledejte veškeré používané elektrody.
2. Na syntetických oligonukleotidech proveďte další optimalizaci jednopovrchové metody hybridizace DNA, zaměřte se především na využití různých blokátorů a jiných faktorů (doba hybridizace, denaturace PCR produktu), které by umožnily lepší citlivost detekce.
3. Porovnejte jednotlivé uhlíkové elektrody (CPE, SPCE, atd.) použité k elektrochemické detekci DNA. Získané výsledky zhodnoťte a jednotlivé elektrody porovnejte.
4. Optimalizovanou metodu použijte pro DNA získanou z plísní rodu Aspergillus.
Zásady pro vypracování
1. Vypracujte literární rešerši na téma elektrochemické detekce hybridizace DNA a vyhledejte veškeré používané elektrody.
2. Na syntetických oligonukleotidech proveďte další optimalizaci jednopovrchové metody hybridizace DNA, zaměřte se především na využití různých blokátorů a jiných faktorů (doba hybridizace, denaturace PCR produktu), které by umožnily lepší citlivost detekce.
3. Porovnejte jednotlivé uhlíkové elektrody (CPE, SPCE, atd.) použité k elektrochemické detekci DNA. Získané výsledky zhodnoťte a jednotlivé elektrody porovnejte.
4. Optimalizovanou metodu použijte pro DNA získanou z plísní rodu Aspergillus.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucí práce.
Seznam doporučené literatury
Podle pokynů vedoucí práce.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, grafy, schémata, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Studentka přednesla obhajobu své diplomové práce a zodpověděla dotazy oponenta a členů komise.