|
|
Hlavní nabídka Prohlížení IS/STAG
Nalezené předměty, počet: 1
Stránkování výsledků vyhledávání
Nalezeno 1 záznamů
Export do Xls
Informace o předmětu
KBBV / C541
:
Popis předmětu
Pracoviště / Zkratka
|
KBBV
/
C541
|
Akademický rok
|
2023/2024
|
Akademický rok
|
2023/2024
|
Název
|
Základy proteomiky
|
Způsob zakončení
|
Zkouška
|
Způsob zakončení
|
Zkouška
|
Akreditováno / Kredity
|
Ano,
4
Kred.
|
Forma zakončení
|
Kombinovaná
|
Forma zakončení
|
Kombinovaná
|
Rozsah hodin
|
Přednáška
2
[HOD/TYD]
|
Zápočet před zkouškou
|
Ne
|
Zápočet před zkouškou
|
Ne
|
Automatické uznávání zápočtu před zkouškou
|
Ne
|
Počítán do průměru
|
ANO
|
Vyučovací jazyk
|
Čeština
|
Obs/max
|
|
|
|
Automatické uznávání zápočtu před zkouškou
|
Ne
|
Letní semestr
|
0 / -
|
0 / -
|
0 / -
|
Počítán do průměru
|
ANO
|
Zimní semestr
|
0 / -
|
22 / -
|
0 / -
|
Opakovaný zápis
|
NE
|
Opakovaný zápis
|
NE
|
Rozvrh
|
Ano
|
Vyučovaný semestr
|
Zimní semestr
|
Vyučovaný semestr
|
Zimní semestr
|
Minimum (B + C) studentů
|
nestanoveno
|
Volně zapisovatelný předmět |
Ano
|
Volně zapisovatelný předmět
|
Ano
|
Vyučovací jazyk
|
Čeština
|
Počet dnů praxe
|
0
|
Počet hodin kontaktní výuky |
|
Hodnotící stupnice |
A|B|C|D|E|F |
Periodicita |
každý rok
|
Periodicita upřesnění |
|
Základní teoretický předmět |
Ne
|
Profilující předmět |
Ano
|
Základní teoretický předmět |
Ne
|
Hodnotící stupnice |
A|B|C|D|E|F |
Nahrazovaný předmět
|
Žádný
|
Vyloučené předměty
|
Nejsou definovány
|
Podmiňující předměty
|
Nejsou definovány
|
Předměty informativně doporučené
|
Nejsou definovány
|
Předměty,které předmět podmiňuje
|
KBBV/SM073
|
Graf četnosti udělených hodnocení studentům napříč roky:
Obrázek PNG
,
XLS
|
Cíle předmětu (anotace):
|
Součástí předmětu je seznámení se s postupy přípravy vzorku pro proteomickou analýzu, analytickými a preparativními metodami, včetně konkrétních výstupů analýz a jejich interpretace. Součástí je také ukázka zavádění nových analytických metod do klinické praxe a využití metodického potenciálu k vyhledávání nových diagnosticky významných markerů specifických procesů v biologických materiálech.
V rámci přednášek budou zařazeny samostatné kapitoly věnující se postupům separace proteinových směsí (konvenční chromatografie, afinitní chromatografie, elektroforetické metody včetně 2D uspořádání), identifikace vybraných proteinů různými metodami s důrazem na hmotnostní spektrometrii s využitím veřejně dostupných databází. Studenti se seznámí se základy peptidového mapování, jednotlivými kroky této metody a naučí se pracovat s nástroji k tomuto účelu používané (Mascot, Protein Prospector atd.). Kapitola věnovaná použití hmotnostní spektrometrie navazuje na předešlé znalosti studentů a je zaměřena hlavně na ionizační techniky včetně instrumentace, na tandemovou hmotnostní spektrometrii s možností sekvenční analýzy peptidů, spojení HPLC s MS detekcí, s postupy kvantitativní analýzy pomocí MS. Závěrečná kapitola je věnována aktuálním aplikacím v oboru, které nacházejí uplatnění v praxi, např. v diagnostice v klinické praxi.
|
Požadavky na studenta
|
písemný test a ústní zkouška
|
Obsah
|
1. Úvod, definice pojmů, vymezení oboru proteomiky, návaznost na jiné obory.
Příprava vzorku, izolace a purifikace bílkovin, separační metody používané v proteomice.
Separace bílkovin pomocí isoelektrické fokusace. Aplikace isoelektrické fokusace jako první dimenze 2D gelové elektroforézy
SDS-PAGE pro separaci bílkovin a její použití jako druhé dimenze v 2D gelové elektroforéze.
Analýza obrazu v gelové elektroforéze, zpracování jednotlivých spotů, činidla a enzymy pro digesci bílkovin.
Proteomické přístupy bez použití gelové elektroforézy, vícerozměrná proteinová identifikační technologie.
Hmotnostní spektrometrie (MS), principy a možnosti v analýze biomolekul (peptidů, bílkovin).
Příprava vzorku pro hmotnostně-spektrometrickou analýzu pomocí MALDI a ESI ionizačních technik.
Vlastnosti peptidů a bílkovin důležité pro analýzu MS. Identifikace bílkovin - Edmanova degradace a peptidové mapování.
Identifikace bílkovin pomocí tandemové MS, de-novo sekvenace peptidů, posttranslační modifikace proteinů.
Databáze, programové nástroje a bioinformatické zpracování proteomických dat.
Metody kvantifikace bílkovin. Použití metod značení bílkovin a peptidů. Kvantifikační metody bez použití chemického značení.
Aplikace proteomických metod a jejich kombinací v praxi.
Identifikace bílkovin pomocí tandemové MS, de-novo sekvenace peptidů, posttranslační modifikace proteinů.
Databáze, programové nástroje a bioinformatické zpracování proteomických dat.
Metody kvantifikace bílkovin. Použití metod značení bílkovin a peptidů. Kvantifikační metody bez použití chemického značení.
Aplikace proteomických metod a jejich kombinací v praxi.
|
Aktivity
|
|
Studijní opory
|
|
Garanti a vyučující
|
|
Literatura
|
-
Doporučená:
J.R. Chapman. Mass Spectrometry of Proteins and Peptides. Humana Press, 2002.
-
Doporučená:
O. Geshke, H. Klank, P. Telleman. Microsystem Engineering of Lab-on-chip Device. Weinheim, 2005.
-
Doporučená:
R. Westermeier, T. Naven. Proteomics in practice. Wiley-VCH, Weinheim.
-
Doporučená:
Jörg Reinders, Albert Sickmann. Proteomics. Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology,. Humana Press, 2009.
|
Časová náročnost
|
Všechny formy studia
|
Aktivity
|
Časová náročnost aktivity [h]
|
Vypracování seminární práce
|
5
|
Domácí příprava na výuku
|
70
|
Semestrální práce
|
10
|
Exkurze
|
2
|
Celkem
|
87
|
|
Předpoklady - další informace k podmíněnosti studia předmětu |
Předmět navazuje na znalosti z oboru cytologie, biochemie, imunochemie, molekulární biologie a genetiky. Předmět seznamuje studenty se základy proteomiky jako oboru, který se věnuje analýze proteinů přítomných v různých organismech. Studenti získají přehled o základních cílech oboru jako například použití separačních technik v proteomice, aplikace hmotnostní spektrometrie v analýze proteinů a peptidů, identifikace proteinů, analýza posttranslačních modifikací a pod.
Student by měl mít znalosti a úspěšně složenou zkoušku z obecné biochemie, molekulární biologie a analytické chemie. |
Získané způsobilosti |
- |
Vyučovací metody |
- Monologická (výklad, přednáška, instruktáž)
- Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming)
- Demonstrace
- Projekce
|
Hodnotící metody |
- Ústní zkouška
- Písemná zkouška
- Posouzení zadané práce
|
|
|
|